22日、余剰戦力を対象とした２次ドラフトが実施され、各球団提出した40名の保護選手以外の選手を最大３人まで指名でき、合計34名の選手が指名された(2014年2軍戦のみ参加する新球団ＫＴウィズは、他球団が指名を終えたあとも特別に５人指名可能だった）。指名順は新球団ＫＴが最初で、次に最下位ハンファから2013年シーズンの順位の低い順だった。
【2013年プロ野球２次ドラフト 指名選手】
（ ）内のチーム名は前所属球団
ＫＴ ： キム・ジュウォン(投手・ＳＫ)、イ・ユンハク(投手・ＬＧ)、キム・ヨンソン（投手・ＮＣ）
ハンファ ： イ・ドンゴル(投手・ハンファ)、イ・ソンジン(投手・ＬＧ)、チェ・ユンソク(内野手・ＳＫ)
キア ： キム・サンヒョン(投手・トゥサン)、キム・ミヌ(内野手・ネクセン)、キム・ジュン(投手・ＳＫ)
ＮＣ ： イ・ヘェチョン(投手・トゥサン)、キム・ソンゲェ(投手・キア)、シム・ジェユン(ＬＧ・外野手)
ＳＫ ： シン・ヒョンチョル(内野手・ネクセン)、イ・ジョンダム(投手・ロッテ)、キム・デユ（投手・ネクセン）
ロッテ ： イ・ヨサン(内野手・ハンファ)、シム・スチャン(投手・ネクセン)
ネクセン ： イ・サンミン(投手・ＮＣ)、カン・ジグァン(投手・ＬＧ)、ユン・ヨンサム(ＮＣ・投手)
ＬＧ ： イム・ジェチョル(外野手・トゥサン)、イ・チャンホ(投手・ＮＣ)、チョン・ヒョクチン（投手・トゥサン）
トゥサン ： ホ・ジュンヒョク(投手・ＳＫ)、チェ・ヨンジン(内野手・ＬＧ)、ヤン・ジョンミン(内野手・ロッテ）
サムソン ： イ・ヨンウク(投手・ＳＫ)、ソ・ドンファン(投手・トゥサン)、チャ・ファジュン(ＮＣ・内野手)
※ ＫＴはこれ以外にもイ・ジュンヒョン(投手・サムソン)、キム・サヨン(内野手･ネクセン)、キム・ドンミョン(捕手・サムソン)、キム・ヨンファン(内野手･サムソン)、シン・ヨンスン(外野手・サムソン)を指名。
2次ドラフトで指名した選手と契約する場合、前所属球団に補償金として1巡目の選手は3億ウォン、2巡目の選手は2億ウォン、3巡目の選手は1億ウォンを払わなくてはならない。この制度は2011年11月に初めて実施され、以後2年に1回となり今回が2度目となった。前回2次ドラフトで指名された選手の中には、2013年10勝をあげ新人王となったイ・ジェハク(ＮＣ)、ロッテの抑えとなったキム・ソンベなどがいる。
指名された選手の多くは今後の成長と活躍が期待される若手だが、トゥサンからはイム・ジェチョル、イ・ヘェチョン(元東京ヤクルト)、キム・サンヒョンなど一軍で実績のある選手たちが指名されている。
